紫外线杀菌的杀菌原理是利用紫外线光子的能量破坏水体中的各种病毒，细菌以及其它致病体的DNA的结构。主要是使DNA中的各种结构键断裂或发生光化学聚合反应，例如使DNA中THYMINE二聚，从而使各种病毒，细菌以及其它致病体失去复制繁殖能力，达到灭菌的效果。